I likhet med forrige sesong er The Walking Dead: Season Two et pek-og-klikk-eventyrspill. Spilleren, som har kontroll over Clementine, kan dirigere karakteren rundt i miljøet, undersøke og samhandle med ulike naturelementer og samle og bruke gjenstander for å fremme historien. Spilleren kan også starte samtaler med ikke-spillerkarakterer via samtaletrær. Visse svar fra andre karakterer kan tilby spilleren flere valg å velge mellom, inkludert muligheten til å være stille, med en begrenset tid til å velge; hvis spilleren ikke velger et alternativ, vil samtalen fortsette som om de hadde vært stille. Slike valg kan påvirke hvordan de andre karakterene senere vil reagere på Clementine som kan påvirke senere hendelser i historien. Andre scener er mer action-orienterte, og krever at spilleren fullfører raske hendelser for å unngå at Clementine eller hennes allierte blir drept. Hvis spilleren mislykkes med disse hendelsene, vil spillet starte på nytt ved starten av slike scener. Slike actionscener kan også kreve at spilleren tar en nøkkelbeslutning innen en begrenset tidsramme, for eksempel hvilken av to karakterer som skal reddes fra å angripe turgåere.