Lies as a Starting Point er en forgrenende visuell roman som følger Kanata og Nozomi, to fremmede som møtes på et tog. Gjennom Nozomis historier om tre par menn og kvinner og deres "løgner", begynner Kanata å stille spørsmål ved virkeligheten og avdekke skjulte sannheter. Fortellingen deler seg i tre distinkte ruter – ungdomsskole, videregående skole og universitet – som hver avslører nye fasetter av Nozomis fortid. Å nå den sanne slutten av hvert kapittel låser opp dypere lag av mysteriet.