Grisaia: Phantom Trigger 01 Målet med SORD er å trene en ny generasjon med operative til å forsvare landet mot fremtidige trusler. For det formål har organisasjonen etablert en rekke skoler opp og ned i landet. Mihama Academy har mer eller mindre råtnet etter den brå nedleggelsen, har fått et nytt formål som en slik "spesialistskole". Mihama overlater nå de mistilpassede jentene som deltar på det med våpen og skarp ammunisjon. Disse elevene tar ikke hensyn til sin egen sikkerhet, og blir igjen og igjen kastet ut i farlige utenrettslige oppdrag - alt til beste for riket. Uansett hvor mye livet kverner dem, hvilken fremtid venter disse jentene, som selv har valgt våpenveien? Grisaia: Phantom Trigger 02 En VIP som kommer fra utlandet forsvinner på mystisk vis i transitt. SORD-teamet ved Mihama Academy får et nytt oppdrag: å finne og gjenopprette ham. Hver gang de ser ut til å nærme seg denne manglende "pakken", sklir den på en eller annen måte gjennom fingrene deres. Med dem på oppdraget deres er to andre SORD fra Kyousen Sakuragaoka campus - tvillingsøstre, som både hjelper og hindrer mannskapet. Det har også gått rykter om en vågal motorsyklist ved navn "Soul Speed", som river opp gatene om natten. Om ikke lenge går lagets spennende jakt over i en dødskamp, ​​og presser stridende til sine grenser og utover. Rena og Haruto blir i mellomtiden tatt med på en reise dypt inn i fortiden, til deres første møte noensinne. Grisaia: Phantom Trigger 03 Mens Rena og Maki kommer seg etter skadene sine, flyr de andre SORD-medlemmene utenlands for en skoletur. I løpet av få øyeblikk etter ankomst blir Mihama-gjengen trukket inn i en jakt på en SORD-desertør, assistert av elevene Sylvia og Velvet fra St. Aile's International School. Tohka er stjernen i showet denne gangen, men hun sliter med sine egne problemer – gamle minner fra foreldrene og et løfte til en venn som hun ikke var i stand til å holde... «Du har rett. Det er en grunn til at vi trenger å komme tilbake... selv om det betyr å krype hjem på hender og knær.» "La oss møtes igjen en dag... hvis vi fortsatt er i live." Og introduserer Sengoku Ayame - Sengoku Ichirus bror, og en handler ved St. Aile's: "Hvis det er en for stor utfordring å ta henne i live, bare bli kvitt henne - jeg bryr meg ikke. Jeg vil rett og slett se at dette rotet blir ryddet opp." Hvilke svar vil Tohka finne? Hun har sannheten i kikkerten... Grisaia: Phantom Trigger 04 Kumashiro Megumi (Gumi), nylig overført fra St. Aile's International School, har trent hardt sammen med Rena og Maki – nå fullstendig restituert etter skadene. Med hjelp av sin mentor, Tohka, former hun seg til å bli en god snikskytter. Akkurat som en ny student setter seg inn, har en annen sikte på å bli med jentene i klasse A, Mihamas elitekampenhet. Navnet hennes? Sengoku Taiga. Haruto, teamets behandler, har én betingelse for Taigas overføring: at Chris fungerer som hennes tilsynsoffiser. De to virker til å begynne med et usannsynlig par, men etter å ha tilbrakt litt tid med lille Taiga, finner Chris snart en måte å se ting fra hennes perspektiv. Det er i det øyeblikket nasjonen plutselig rystes av et terrorangrep av enestående skala. Chris skynder seg til stedet, klar over hva som står på spill, men tar ikke hensyn til farene som ligger foran seg. Akkurat som hun gjorde, en gang før. "Dette er enda verre enn vi kunne ha forestilt oss..." Dødstallene fortsetter å stige, men SORD sitter fast og ser hjelpeløst på fra sidelinjen. Hvilken skjebne venter Chris, Taiga... og Mihama Academy? "Oh, right... I must have died..." Hun holder seg til minnene om sin for lengst døde mor, og forbereder seg også på en evighet av dvale... Grisaia: Phantom Trigger 05 Noen uker har gått siden SORD løste terrorhendelsen ved Kitaoka University – om enn med noen ofre – da Murasakis eldre søstre Misha og Yuuki returnerer til Japan. Yuuki er mer sosial og dyktig enn søsteren, og blir umiddelbart venn med de andre elevene og bygger et tillitsfullt forhold til dem. «Det er ingen grunn for meg til å være på Mihama lenger...» Mens Murasaki begynner å stille spørsmål ved sin eksistensberettigelse, mimrer hun om tiden da hun først møtte Haruto. Noen år tidligere... Han beklaget sin mangel på erfaring og hadde kommet til landsbyen hennes gjemt dypt i fjellene på jakt etter nye ferdigheter. Han ble bedre kjent med Ikoma-søstrene og holdt følge med treningen. Mens han oppsøker landsbyens «hemmelige kunst», rammer en plutselig tragedie dem. "Jeg vil aldri tilgi deg...!!" "Det er greit... Ikke bekymre deg... jeg skal ikke... jeg er her med deg..." "Jeg stusser... Det er akkurat som hun sa - og det er ingen måte å kutte et fantom..." "Kom igjen. Haken opp... Vis meg ditt mot..." Deres skjebnesvangre møte var også begynnelsen på en tragisk historie...