Etter å ha prøvd å redde en druknende ung kvinne, blir helten til Young Merlin dratt inn i en fantasiverden som er truet av den onde Shadow King. Naturligvis er det din jobb å redde denne verden og også å redde den nevnte kvinnen som har blitt kidnappet av Shadow King. Dette gjøres på typisk action-eventyr-måte: du må kjempe mot fiender ved å bruke trollformler som samles under spillets fremdrift, samt løse gåter og bruke flere gjenstander. Det som skiller Young Merlin fra andre actioneventyr er det faktum at det ikke er tekst i hele spillet, i stedet brukes ikoner for å representere samtaler, dessuten bruker spillet passord, i stedet for et batteri for å registrere spillerens fremgang.