Compond Xs kraftige biodatamaskin har begynt å fungere feil, og "X-Tra", også kjent som det eksterne trusselgjenkjenningssystemet, skyter mot alt som beveger seg. Faktisk har datamaskinen fått tilgang til nasjonens nedtellingssystemer for atomvåpen for et gjengjeldelsesangrep. Siden kjernefysisk krig kan X-tinguish liv på planeten, må spilleren gå inn i X-Termination-sonen i forbindelsen og kjempe videre gjennom forsvar til den sentrale datamaskinen. X-Zone er et førstepersons lettvåpenspill. Spilleren må skyte robotfiendene på skjermen og prosjektilene som de skyter mot spilleren. De fleste nivåer avsluttes med en kamp mot en sjef, som følger bestemte mønstre og hvis systemer/våpen må skytes mot og ødelegges individuelt.