We're Back!: A Dinosaur's Story er forskjellig fra dens Genesis-motstykke. Denne versjonen har karakterer fra filmen, men følger ikke historien til filmen. I denne versjonen har professor Screw Eyes kidnappet Louie og Cecilia. Når de hører om dette, går kaptein Neweyes og dinosaurene i gang for å redde vennene sine ved å reise gjennom ulike tidsperioder. Spillet er en sidescroller som får spilleren til å ta kontroll over Rex, reise gjennom nivåene og unngå feller og beseire ulike fiender spredt utover stadiene (fem i alt). Rex kan også motta hjelp fra dinosaurvennene sine, Elsa, Woog, Vorb og Dweeb fra tid til annen. Det finnes også power-ups som øker og fyller opp Rex sin helse.