I denne SNES-oppfølgeren til arkadespillene R-Type, er du R-9, jordens mest avanserte form for forsvar mot det onde BYDO-imperiet. Det er syv stadier du må gå gjennom, og plukke opp power-up-gjenstander for å beseire scenesjefene som har returnert fra arkadeversjonene av R-Type og R-Type II. R-9-skipet ditt kan også forenes med FORCE, som er uovervinnelige enheter som omgir skipet ditt for å beskytte deg og som også kan slå opp og angripe.