Super Ninja Boy er et action-rollespill for én eller to spillere. I et tospillerspill kontrollerer hver spiller enten Jack eller Ryu. I et enspillerspill er det bare Jack som dukker opp. En annen spiller kan bli med når som helst ved å besøke en nærbutikk. Spillet inneholder kjente rollespillelementer som å utstyre forskjellige typer våpen, utstyr og få nivåer. Ninja Boys blir behandlet som en enkelt enhet, og derfor deles denne statistikken mellom Jack og Ryu med like verdier. Kamper med fienden, enten gjennom tilfeldige møter eller synlig på kartet, er der handlingen starter. Karakterene går inn i en siderullende 'kampmodus' hvor de kan hoppe, slåss, bruke sine spesielle teknikker, gjenstander og trollformler, samt aktivere ulike bonuser på slagmarken ved å bryte opp bonusboksene. En kamp er over og erfaringspoeng tildeles når et forhåndsbestemt antall fiender er beseiret eller Ninja Boys er beseiret. Når sjefer blir møtt, endres spillingen til et turbasert system. Hver tur gis kommandoer til Jack og Ryu, som inkluderer bruk av spesielle gjenstander og ferdigheter tilegnet i løpet av spillet, som deretter utfører handlinger basert på disse kommandoene. Fiendens tur foregår på samme måte. Kampen avsluttes når den ene siden av konflikten går tom for treffpunkter.