Etter å ha beseiret Mother Brain og detonert Tourian, flyttet sjokkbølgen fra eksplosjonen banen til Planet Zebes og flyttet den nærmere solen. Over tid smeltet Zebians polare iskapper, og etterlot hele planeten nedsenket under vann. Samus vender tilbake til Zebes tjue år senere for å konfrontere en annen Mother Brain som skapte ut av dypet, sammen med nye farer.