Shien og Aska var raske ninjaer som kjempet i en borgerkrig. Etter å ha beseiret hundrevis av fiendtlige soldater, dukker plutselig monstre opp og kidnapper Aska. Det er opp til Shien å beseire dem og redde Aska fra disse skapningene bortenfor Time Gate. Shien's Revenge er et førstepersons skytespill i Operation Wolf-stil som setter spilleren i rollen som ninjaen Shien. Bevegelsen styres automatisk av spillet, som ruller horisontalt eller vertikalt. Spilleren må bruke våpnene sine, langdistanse shuriken (kastestjerner) og en dolk på nært hold for å beseire forskjellige fiendtlige ninjaer og skapninger som vises på skjermen. Et sett med lys indikerer spillerens levetidsmåler. Power-ups som rask ild og ruller kan plukkes opp ved å beseire fiender. Bruken av ruller produserer et kraftig angrep som skader alt på skjermen. På slutten av hvert område møter spilleren en sjef som må beseires gjennom utarmingen av levetidsmåleren.