Sjampinjongriket har blitt dekket av blodrød magi, kastet mot skyene. Den magien gjorde at alle kongedømmets innbyggere ble til steinstatuer, bortsett fra Mario og prinsesse Peach. Det er nå opp til Mario å finne ut hvem som er ansvarlig for det, og å gjenopprette Mushroom Kingdom til sin tidligere tilstand. Eventyret består av å utforske landet for å finne Power Stars, og med kreftene deres, fordrive den karmosinrøde magien, gjenopprette naturens likevekt og redde universets skjebne, som også er truet av den ene bråkmakeren. Det er imidlertid ikke så enkelt som det ser ut til. Etter hvert som du går gjennom spillet, avsløres mer av historien, og komplekse hendelser snur også.