Hebereke's Popoon er et blokkgrupperingsspill nærmere Dr. Mario enn Tetris i stil. Det er åtte spillbare karakterer, som hver har forskjellige evner. I enspillermodus blir spilleren tvunget til å velge Hebereke og må spille mot Oh-Chan. Etter å ha beseiret Oh-Chan, får spilleren velge mellom Hebereke og Oh-Chan i neste kamp mot Sukezaemon, og så videre, til spilleren har "låst opp" alle karakterene. Hver kamp består av en enkelt runde. En beseiret spiller kan velge å gjenoppta spillet ved å bruke en fortsettelse. I tospillermodus er alle karakterene umiddelbart tilgjengelige for begge spillerne, og hver kamp er den beste av tre runder. Spillere kan også velge et handicapnivå (fra 1 - 5) for å øke eller redusere spillets vanskelighetsgrad.