Frantic Flea får spilleren til å ta kontroll over en loppekriger for å beskytte loppeverdenen hans fra en ond rase av insekter kalt Insideos som slaver venner og familie. Spillet er en sidescroller med seks forskjellige nivåer, der spilleren utforsker hvert trinn, frigjør andre fangede lopper og bruker våpen og enheter for å hjelpe i oppdragene deres, for eksempel Hoverpod som muliggjør flukt og Stikko som kan gi spilleren muligheten til å klatre på vegger. Grafikken er laget i tegneseriestil med over 100 animasjonsrammer for å gi sprites en mer flytende, livaktig følelse.