Carmen Sandiego og gjengen hennes er løs igjen, og det er spillernes oppgave å fange henne! Denne gangen må spilleren ikke bare finne hvor hun er, men også når hun er. Når de reiser til forskjellige steder, må de samle ledetråder ved å avhøre vitner og søke etter steder for å lukke seg inn og fange Carmen Sandiego. Inkludert med spillet er The New America Desk Encyclopedia for å gjøre ledetråder mer meningsfulle (og fungere som en form for kopibeskyttelse!).