I The Guardian Legend kontrollerer spilleren den kvinnelige vokteren av Jorden, en "svært sofistikert aerobot-transformator". Spillerens oppdrag er å infiltrere Naju, en stor planetlignende gjenstand som romvesener sendte mot jorden. Mens han er inne, må spilleren aktivere ti sikkerhetsenheter for å initialisere Najus selvdestruksjonsmekanisme og ødelegge den fremmede verdenen før den når jorden. Fem fiendtlige stammer av fremmede livsformer kjemper om kontroll over territorier i Naju, og spilleren må kjempe seg gjennom dem for å lykkes med å aktivere bryterne og rømme.