Når de nyter en piknik, blir Mario og Luigi vitne til prinsessens fangst av Bowser! Men i et forsøk på å stoppe brødrene sender den onde Koopa sine sterkeste undersåtter etter dem, noe som gjør dette mye vanskeligere! Bowser planlegger å ødelegge soppriket ved å bruke sitt nye Castle in the Sky, og derfor er ikke prinsessen alt du trenger å bekymre deg for.