Ninja Ryu er tilbake for å hevne farens død, og stoppe den onde Ashtaren. Et år har gått siden Ryu sist møtte sin erkefiende, og fortsatt fortsetter aktiviteten nede i bunnen av mørkets rike. Ashtar, den onde herren som i hemmelighet kontrollerer Jaquio, er igjen på farten, og det er opp til Ryu, "Ninja-dragen" å stoppe det. Bruk alle hemmelighetene til den ekte Ninjitsu, sammen med de spennende lyd- og visuelle spesialeffektene og bli dratt inn i fantasiverdenen til Ninja Gaiden II The Dark Sword Of Chaos.