Rogue Dawn er en uoffisiell prequel til det originale Metroid-spillet som ble utgitt i 1986. 30 år senere gir vi deg hendelsene som utspilte seg før Samus berømte «Zero»-oppdrag på planeten Zebes. Den originale Metroid-manualen forteller oss om et romskip for dypromforskning som ble angrepet. Pirates beslagla en kapsel som sies å inneholde en nyoppdaget livsform i en tilstand av suspendert animasjon. Rogue Dawn omgir disse hendelsene som førte til tyveriet av kapselen som til slutt plasserte Metroid-ene under kontroll av Ridley og Mother Brain. Oppdraget med å skaffe kapselen er plassert i hendene på en av Ridleys best bevarte hemmeligheter. En useriøs menneskelig agent trent og manipulert av Ridley fra en ung alder. Hentet som barn fra en føderasjonskoloni som ble utslettet av Ridleys fraksjon, var hun i utgangspunktet bare et annet testperson som skulle gjennomgå forferdelige eksperimenter. Ridley bestemte seg for å i stedet manipulere og forme henne til et våpen, hans første menneskelige tjener og mørke agent. Grunnet ennå uprøvd blir hun sendt ut på sitt "null" oppdrag for å hente et nyoppdaget biologisk eksemplar i besittelse av et forskningsmannskap fra Federation som kretser rundt planeten SR388 og bevise at hun er verdt det. Hun heter Dawn Aran!