En dag i det føydale Japan trener Kid Niki, den mest radikale av ninjaene, på Ninjaskolen sin. Plutselig blir en forbipasserende fugl truffet av en pil og lander ved Nikis føtter. Vedlagt er en lapp som forklarer at Nikis kjæreste, prinsesse Margo, er blitt kidnappet av den onde steintrollmannen. Med ropet "Vil hjelpe deg!" Niki bryter gjennom veggen på skolen sin og setter ut på sin søken etter å redde Margo.