GI Joes lag av slemme, slanke kampeksperter går i gang! Cobra Commander har hevet den gamle øya Atlantis fra havdypet, og bruker den som base. Med en nesten uforgjengelig hær, og kraftige romvåpen, er den maktgale Cobraen i ferd med å ta over verden! Gå videre gjennom de dødelige labyrintene til Cobras våpenkompleks, kjempe mot soldater, stridsskip, laserkuler og hudknusende rovfugler. Infiltrer hemmelige lagerrom der Cobra Commander utfører sine dødelige planer. På hvert nivå, finn en alliert med enda større styrke og ferdigheter for å bli med i kamplaget ditt. Møt endelig Cobra Commander i en forrædersk duell om verdensdominans! Dette er en kamp bare G! JOE kan vinne!