Sjåfører tjener tusenvis av dollar ved å konkurrere i vannflyløp, sette banerekorder, redde strandede mennesker og samle inn kontantbonuser. Med disse gevinstene kan de reparere eller oppgradere ulike komponenter i vannflyet for å forbedre racingytelsen og forbli konkurransedyktige i de stadig vanskeligere løpene. Eliminator Boat Duel tilbyr tre vanskelighetsgrader: Enkel, Normal og Ekspert. Ved å fullføre et løp på et lavere vanskelighetsnivå går spilleren videre til det neste høyere. På hvert vanskelighetsnivå kan spillerens vannplan bli skadet fra sammenstøt med dyr, motstanderens vannplan og forskjellige stasjonære gjenstander. En falsk start straffes med en bot på $2000. For det meste av et løp kontrollerer spillerne sine vannfly fra fugleperspektiv, og skjermen ruller i flere retninger; men i ett segment av løpet endres det grafiske perspektivet til en tredjepersons sporingsmodus. I et enkeltspillerspill konkurrerer spilleren først med Seasick Sidney (i enkel modus), med Aquarius Rex (i normal modus), eller med Surfer Bob (i ekspertmodus). Spilleren konkurrerer deretter mot henholdsvis Vicious Vicky, Weird Willy, Mangler Mike, Veronica Alabaster og Disaster Don (den regjerende verdensmesteren). For å vinne må spilleren beseire hver motstander en-mot-en på tre unike rasebaner. Eliminator Boat Duel har 24 unike rasebaner.