Spilleren tar rollen som Kenny Smith, en agent for 98th Special Forces, også kjent som "Code Name: Viper", som får i oppdrag av sin sjef, Director Jones, å undersøke et stort narkotikasyndikat som dekker hele Sør-Amerika. Smiths mål er å redde en savnet Viper-agent i hvert av syndikatets syv gjemmesteder og avdekke ledetråder om syndikatets sanne hjerne.