TMNT3 setter mer fokus på teamarbeid, karakterutvikling og kontroll enn noe annet konsoll Turtles-spill til dags dato. Spillere kan spille som favorittskilpadden alene eller med opptil tre venner, og tjene erfaringspoeng underveis mens de skjærer og bash Foot Ninjas og mektige, velkjente sjefer fra TMNT-universet. Disse erfaringspoengene lar spillere forbedre og utvikle skilpaddenes egenskaper og evner for mer varierte, kraftige angrep og trekk. Ninja Scroll System er en annen ny funksjon på TMMT3. Å kunne velge hvilke ninja-ruller som skal brukes, gjør at skilpaddene kan bruke ulike spesielle evner strategisk. Samarbeidsspill ligger i hjertet av TMNT3, og spillere som slår seg sammen med venner for flerspillerhandling blir belønnet med eksklusive funksjoner som Cooperative Attack for enda mer skallsjokkerende skade på fiender. Effekten av dette angrepet endres avhengig av antall spillere som jobber sammen (mellom 2-4 spillere). For enda større kontroll har TMNT3 et nytt kampsystem kalt Target Attack-systemet som lar spillere spille mer instinktivt og strategisk. Med Target Attack-systemet vil spillere kunne låse seg til spesifikke fiender og blokkere, unngå eller motangrep tilsvarende for jevnere og mer manøvrerbare kamper. Story Mode kan spilles med 1-4 spillere. Selv når du har mindre enn 4 spillere å spille, vil de andre skilpaddene være ved din side, kontrollert gjennom AI. Alle skilpaddene kan delta i Cooperative Attack for å slå fiender, og spillere kan gi kommandoer til AI.