SEGA ga ut på nytt i 2003 en oppdatert versjon av Phantasy Star Online Episode I & II for Nintendo GameCube i 2003 kalt Phantasy Star Online Episode I & II Plus. Tidlig i arbeidet med å kjøre usignert kode på GameCube, fant folk ut at når de spilte PSO og koblet til en server ved hjelp av GameCube Broadband Adapter, kunne en vanlig PC lages for å late som om det var en server som ville lure spillet. Etter å ha opprettet forbindelsen, kunne data streames tilbake til GameCube, noe som gjør det enkelt for hacking og falske servere. Phantasy Star Online Episode I & II Plus ble laget i tankene for å fikse dette problemet. Sammen med dette problemet inkluderte SEGA ekstra innhold for offline med dette spillet, inkludert: - Episode II Challenge Mode, som tidligere kun var online. - Perviously bare online oppdrag, Seat of the Heart, West Tower og East Tower er nå tilgjengelig offline. - Central Dome Fire Swirl, et nedlastbart oppdrag for Xbox, er nå tilgjengelig offline. - De nedlastbare varene fra Fake in Yellow quest er nå tilgjengelig offline. Bortsett fra litt ekstra juksebeskyttelse, kjørte Phantasy Star Online Episode I & II Plus nøyaktig det samme som originalversjonen, og alle data fra karakterer, gjenstander osv. kan byttes mellom de to umiddelbart.