Bli en del av Dreamworks animerte eventyr ved å guide Marty the Zebra, Alex the Lion, Melman the giraffe, Gloria the flodhest og de snikende pingvinene når de flykter fra Central Park Zoo inn i gatene i New York og deretter inn i den ville jungelen... feil San Diego zoo. Historien er nøyaktig den samme som selve filmen, og hvert kapittel vil bringe deg videre i historien. Hvert kapittel vil ha ulike mål. Bare ett spesifikt mål per kapittel er nødvendig for å fullføre kapittelet, slik at du alltid kan spille av kapitlet på nytt senere for å prøve å fullføre alle målene. Hvert stadium vil også kreve at du spiller som en annen karakter, og noen vil involvere alle karakterene. Hver karakter har sine egne unike evner: Marty kan sparke med bakbena, snike seg rundt fiendene sine og utføre lange hopp. Løven Alex kan kaste frukt, bruke klørne og brøle mot fiendene sine. Gloria kan tumle, rumpa sprette og hoftesjekke fiendene hennes. Og når hun spiser litt chilipepper, vil hun kunne storme mot fiendene sine. Melman kan snurre seg inn i, kaste gjenstander på og slå på fiendene hans. Han kan også utføre Helikopter-bevegelsen som gjør at han kan gli lange avstander. Endelig kan pingvinen skli, fiske og angripe med et slutttrekk (noe som en karatekotelett) for å beseire fiendene sine. Gjennom hele spillet vil det være forskjellige gjenstander å samle, inkludert Life Tikis for å fylle på helsemåleren din og apepenger som vil gjøre deg i stand til å kjøpe spesielle ting i Zoovenir Shop som minispill og spesielle antrekk for Madagaskar-besetningen.