Trusselen om demonisk invasjon gir drivkraft til det nye Simba-imperiet til å grunnlegge en magiskole kalt Vara Noir. Med verden i bedring etter en ødeleggende krig, bruker imperiet skolen til å trene elever i kamp og magi for å forberede seg på eventuelle overhengende og fjerntliggende trusler. Gå inn på den 13 år gamle skorsteinsfeieren Myu som renser skorsteiner og andre hull med rusk. En dag gir bestefaren henne et mektig sverd og noen få dukater og befaler henne å søke til Vara Noir for en utdannelse i mystisk kunst. Myu tar opptaksprøven og består med glans. Som sådan går hun inn på Vara Noir-akademiet og drar på et eventyr hvor hun til slutt vil hjelpe til med å redde kongeriket. Idea Factorys siste spill i Kingdom of Chaos-serien inneholder fangehullsutforskning, karakterinteraksjon og et Megami-Tensei-aktig gjenstandssyntesesystem der spesielle gjenstander som finnes i fangehull kan bindes sammen med våpen for å øke angrepskraften, gjennomsyreegenskaper osv. Interaksjonssekvenser er av punkt og klikk-sorten der spørsmål og svar rasles av på rutinemessig måte. Gakuen Toshi Vara Noir ble opprinnelig utgitt på PS2, og slutter seg til Gamecube-biblioteket med nye animasjonssekvenser og grafiske oppdateringer som frisker opp eventyret for gamle og nye spillere.