Baten Kaitos Origins finner sted 20 år før det første Baten Kaitos-spillet. Den forklarer hvordan den djevelske keiser Geldoblame kom til makten, og den fyller også ut mange detaljer om heltene fra den første tittelen. I tillegg vil spillerne lære om opprinnelsen til selve verden og hvorfor The Lost Ocean vender tilbake. Helten, en blåhåret ung mann ved navn Sagi, ble sendt for å myrde keiseren, men fant ut at jobben var gjort for ham. Han får skylden for dødsfallet, og er nå på flukt med to venner - en robot som heter Guillo og en ung kvinne som heter Milly. I de innledende stadiene vil spillerens parti utvikle seg på en lineær måte, og bevege seg fra ett område til det neste langs en bestemt bane. Etter å ha spilt spillet i noen timer, vil spillerne skaffe seg et skip som lar dem besøke områder i den rekkefølgen de selv velger, slik at de enten kan forfølge valgfrie sideoppdrag eller sprenge seg gjennom hovedoppdraget etter eget ønske. I motsetning til tradisjonelle rollespill, hvor karakterer får nivåer i kategorier som styrke og smidighet, skjer det meste av utjevningen ved å skaffe bedre Magnus-kort. Det er mer enn 600 forskjellige Magnus-kort i Baten Kaitos Origins, hvorav noen har virkelig fantastiske egenskaper. Spillere kan skaffe seg kort på mange forskjellige måter, inkludert handel, kjøp, vinne som krigsbytte eller ved å lage dem selv.