En oppfølger til den originale TwinBee utgitt for de bærbare Game Boy-konsollene. Pop'n TwinBee setter deg bak kontrollene til to eksperimentelle TwinBee-jagerfly mens du prøver å redde Dr. Cinnamon fra onde fremmede styrker. For å gjøre det må du reise gjennom 6 forskjellige planeter fylt med søte og surrealistiske skapninger som er opptatt av ødeleggelsen din. Spillet bruker den klassiske spillmekanikken for sjangeren, der du kontrollerer håndverket ditt mens bakgrunnen ruller vertikalt mot slutten av scenen og prøver å overleve og ødelegge alle fiender med laserskuddene dine. Twinbee har et valgbart power-up-system der du må skyte bell power-ups for å velge hvilken type oppgradering du vil ha, avhengig av fargen de tar (eller i dette tilfellet, gråtonen). Til tross for den europeiske tittelen, er den japanske versjonen faktisk tre år før utgivelsen av Super Famicom-versjonen av Pop'n TwinBee.