Heiankyo Alien finner sted under Heian-alderen når byen Kyo blir invadert av romvesener. Romvesenene har spist folket og slukt byen. Som Kebiishi, eller ridder, bestemmer du deg for å forsvare byen ved å begrave romvesenene levende. Din oppgave er å løpe rundt områder satt opp som labyrinter og grave hull. Jo lenger du holder nede knappen, jo større blir hullet. Hull må plasseres strategisk for å fange de bevegelige romvesenene og ikke for å svinge deg selv. Når en romvesen faller ned i et hull, må du fylle hullet på nytt før de kan rømme. Beseire alle 12 runder for å vinne spillet. Spill alene, mot en venn, eller slå deg sammen med en venn for å begrave romvesener levende i Heiankyo Alien.