Battle Unit Zeoth finner sted i fremtiden hvor menneskeheten blir invadert av en rase med fremmede roboter kjent som Grein. Jordens styrker var triumferende i kamp og Grein-styrkene flyktet fra solsystemet. Men da de trakk seg tilbake, etterlot Grein en hemmelig underjordisk base fylt med selvreplikerende Grein-maskiner. Førti-to år etter jordens seier åpnet Grein-basen og en ny angrepsstyrke desimerte byen New Age. For å gjengjelde, har jordens militær lagret en meka som spesialiserer seg på romvesenkamp kjent som Zeoth. Det er Zeoths oppgave å stoppe angrepsstyrken, gå inn i Grein hemmelige base og ødelegge de mekaniske okkupantene før en ny invasjonsstyrke kommer.