Det er fire spillmoduser i Atomic Punk, inkludert to enkeltspillermoduser og to flerspillermoduser. Solo: "Game A" (kjent som "Bomber Boy" i den japanske versjonen) ligner på andre spill i serien, med noen få forskjeller. Power-ups, kjent som paneler, som vanligvis oppnås på hvert nivå og overføres fra det ene til det neste, kan også kjøpes fra en butikk ved å bruke GP, som samles inn avhengig av hvor lang tid det tar å fullføre et nivå og hvor mange blokker som blir ødelagt. I begynnelsen av hver runde bestemmer spilleren hvilke paneler som skal brukes for å fullføre runden. En annen forskjell er at den lineære spillingen til originalen, med spilleren videregående nivåer etter å ha fullført hvert enkelt, ble endret for å implementere et verdenskart med ni steder. Den andre spillmodusen, "Game B" (kjent som "Bomber Man" i den japanske versjonen) er den samme som i det originale Bomberman-spillet, men sceneområdet er kvadratisk i stedet for rektangulært og skjermen er alltid sentrert på Bomberman i stedet for å rulle når han berører grensen. Vs.: Panel-modus, der spillere begynner med bare én bombe å plassere om gangen og en bombeeksplosjonslengde på én enhet, og Bomb Up- og Fire Up-paneler vises. Kraftig modus, der spillere har fire bomber å plassere om gangen og en bombeeksplosjonslengde på fire enheter, og ingen paneler vises.