Powerpuff Girls gjør sin første opptreden på Game Boy Color med POWERPUFF GIRLS: Bad Mojo Jojo. Du tar rollen som Blossom, som er kjent for sin intelligens. Blossom må slå og sparke seg gjennom nivåer fylt med gåter som må løses, og hun må samle alle ikonene på hvert nivå. Noen av dem er power-ups som lar Blossom bruke en isstråle for midlertidig å fryse fiendene hennes, mens andre er kunstverk som kan byttes mellom de tre POWERPUFF GIRLS-spillene. Til syvende og sist må Blossom stå ansikt til ansikt med sin nemesis, Mojo Jojo. Vil Blossom være i stand til å redde Townsville fra en viss undergang? Finn ut av det ved å spille POWERPUFF GIRLS: Bad Mojo Jojo.