Du er en ny trener som legger ut på en reise for å hjelpe Professor Oak med å forske på Pokémon, på samme måte som de aller første spillene. Denne historien er bygget på grunnlaget som ble hentet fra selve demoen, og lar deg krysse Nihon, basert på hele Japan, mens du samler merker og fanger Pokemon. Du må også møte Team Rocket, som bygger en maskin som vil gi dem utrolig makt over Pokémon! Silver blir fremstilt på den måten som han var i demoen - ikke som en antagonist, men som en energisk rival, omtrent lik Gen 4s Barry. Historien er riktignok ganske enkel, men med vilje. Den ble skrevet for å føles som historien som kunne ha vært i demoen hvis den hadde blitt fullført.