Basert på filmen med samme navn, forteller Spirit: Stallion of the Cimarron historien om en voldsom mustang-hingst ved navn Spirit og hans reise gjennom det utemmede amerikanske vesten. Et plutselig og voldsomt tordenvær har rammet Homeland og spredt flokken. Selv Spirit er ingen steder å finne. Heldigvis vet Little Creek og Little Brook om de tapte hestene og har satt ut for å hjelpe dem å returnere til hjemlandet. Bare du kan hjelpe dem med å få flokken trygt hjem og finne ut hva som har skjedd med Spirit.