Pokemon Kanlara Ultimate er søsterspillet til Kanlara Adventures. Det er ment å gi den mest underholdende måten å utforske regionen Kanlara på. Kanlara er regionen der du ble født. Du gyter her, og du møter barndomsvennen din og rivalen. Du får beskjed om at professoren ønsker å se dere begge. På laboratoriet lar professor Woke deg vite at Kanlara tilsynelatende er under angrep av en gruppe kjent som Team Rocket. Du mottar din første Pokémon, og sammen legger du og din rival ut på eventyret ditt. Målet ditt er å bli den beste treneren du kan være, men også å sette en skiftenøkkel i Team Rockets planer og sørge for at de blir satt på plass. Senere blir det tydelig at Team Rocket får for mye makt, og hele skjebnen til Kanlara vil hvile på skulderen din mens du legger ut på veien mot det siste slaget, som vil avgjøre det hele...