Team Rocket var en gang en mektig styrke i Kanto, helt til en dag, en gutt ved navn Red beseiret dem i deres base - Silph Co. og fortsatte med å beseire lederen deres igjen i treningsstudioet sitt. Lederen forsvant, og Team Rocket forsvant inn i skyggene... 3 år senere angrep de regionen Johto og tok radiotårnet deres, men igjen, en gutt ved navn Gold beseiret dem. Den siste av Team Rocket ble til slutt oppløst og regionene var fredelige igjen... inntil nå... Giovanni har kommet tilbake og gjenopplivet Team Rocket fra graven, og startet et angrep på regionen Celia. Pokemon har på mystisk vis forsvunnet fra Celia, hva skjer med dem? Hva gjør team rocket med dem? Det er 12-årsdagen din, noe som betyr at du endelig har lov til å dra på en Pokémon-reise, akkurat som du alltid har ønsket det! Du får en Pokémon og drar ut for å tjene merker, bli en Pokemon-mester og samle alle Pokémonene i Pokedex! Mens du reiser gjennom Celia-skjærgården, snubler du over en lagrakett som prøver å fange Regice, en av de legendariske regiene! Du oppdager snart planene deres, og det er opp til deg om du vil bli med i team-raketten og hjelpe dem med å nå målene sine, eller hjelpe regisørene og redde Celia fra planen deres! Hva vil DU velge?...