For tre år siden, kort tid etter kroningen og påfølgende pensjonering av mester Brendan, ble Hoenn slått av et enormt antall meteorer. Denne katastrofen, kjent som Hoenn-katastrofen, forvandlet i stor grad Hoenns landskap, og gjorde store deler av den sørlige enden til en karrig ødemark og ødela blant annet Battle Frontier. Dette hadde også en dyp endring på dyrelivet, og drev mange arter til utryddelse. Mer merkelig, nye arter av Pokémon, kjent som Meteoric Pokémon, begynte å dukke opp overalt. I spissen var tre veldig kraftige og onde Pokémon...