Spillet følger Wilbur gjennom 40 oppdrag og 6 forskjellige lokaliteter, hvorav noen er gjenopptatt i filmen. Secret Blueprints lar spilleren "bygge" forskjellige juksekoder og ekstramateriale, ved å bruke Cornelius Robinsons Transmogrifier. Denne maskinen lager gjenstander ved å bruke basekomponenter som Wilbur samler inn under eventyret sitt. Et Breakout-lignende spill kalt Chargeball er både omtalt i selve spillet og som et ekstra spillalternativ. Ulike Chargeball "kart" kan bli funnet gjennom hele spillet, og det er opp til Wilbur å bli Chargeball-mesteren.