De gale pingvinene fra Disneys MADAGASCAR: OPERATION PENGUIN-film kommer tilbake i Activisions MADAGASCAR: OPERATION PENGUIN for GBA. Pingvinene planlegger å rømme fra dyrehagen, og underveis ta et annet dyr inn i deres sprø tomt. Som i filmen vil pingvinene ut av New York zoo. Når spillet åpner, har crack-teamet av pingviner som rømmer de siste detaljene på fluktplanen deres, som innebar å grave en tunnel under dyrehagen og helt til Antarktis. Dette er selvfølgelig ikke så lett som det høres ut, og pingvinene vil trenge en rekke forsyninger, gjenstander og hjelp. Og underveis avskjærer de også en gruppe på fire tapte dyr på vei til øya Madagaskar. Spillere tar kontroll over Private Penguin, som får tildelt en rekke oppdrag å utføre. Han begynner med noen få standard angreps- og hoppebevegelser, men etter hvert som spillet skrider frem, vil han lære kraftigere angrep og evner som å skli. Han vil også finne flere nyttige dingser å beseire fiender med. De fire hovedpersonene fra MADAGASCAR: OPERATION PENGUIN-filmen dukker også opp til tider. Mens spillere i alle aldre vil glede seg over de vanvittige pingvin-spillene, er vanskelighetsgraden rettet mot yngre spillere. Gåtene, utfordringene og nivåene passer akkurat for unge fans av MADAGASCAR: OPERATION PENGUIN, og MADAGASCAR: OPERATION PENGUIN vil gi timevis med sprø pingvinunderholdning.