Blue and Red, hovedpersonene i Gunstar Super Heroes, må nok en gang forhindre at en stein med stor makt faller i hendene på et ondt imperium som har til hensikt å gjenopplive Ruinens Gud. Blå og rød tar på det samme eventyret ved å bruke forskjellige veier, og gir effektivt to unike gjennomspillingsopplevelser. Spillere vil takle seks vilt oppfinnsomme nivåer og ta på seg gigantiske sjefer som fyller hele Game Boy Advance-skjermen.