Code of the Black Knights er en romhack som finner sted på kontinentet Lumae, en masse land som ble trukket fra havene av Naga, skaperverkets gud, 213 år før spillet finner sted. På grunn av denne uvanlige opprinnelsen mangler Lumae noen naturlige kyster, så sjøreise var umulig, og isolerte kontinentet fra resten av verden inntil nylig. Innenfor kontinentet er det fire runer som har bisarre, mystiske krefter. Fire nasjoner tok dem, og ble mektigere enn resten av nasjonene på kontinentet. Gå inn i hovedpersonene våre: Schwarze og Noir, som etter et angrep på et sentralt fort prøver å undersøke hvorfor Zoyla, en alliert nasjon ville sende leiesoldater mot dem. Uten at de vet det, kan deres gode intensjoner detonere en verdenskrig. Noen sannheter var ikke ment å bli oppdaget...