Breath of Fire II er et rollespill. Mesteparten av spillet spilles fra et top-down kart, men kampene ses fra en isometrisk visning. Ryu vil danne partier blant 8 andre karakterer, hver med sine egne ferdigheter og krefter som vil hjelpe ham med å oppdage sannheten bak mysteriet. I GBA-versjonen kan du bruke en link-kabel for å koble til venner og utveksle våpen og gjenstander for å beseire de høyere ondskapene. Og med inkluderingen av samfunnssystemet kan du bygge og vedlikeholde din egen by mens du er lei av å utforske.