Bomberman slår seg sammen med Max for å ta fatt på den onde Mujoe. Men før de får sjansen, snur Mujoe bordene, og krymper heltene til små vesener. Nå må de to bruke bombekreftene sine og krysse nivåene, sprenge hindringer og fiender for å komme til utgangen, for til slutt å ødelegge enheten og returnere seg selv til normal størrelse. Som med alle tidligere Bomberman-titler, er målet med spillet å plante bomber, og ødelegge alt som kommer innenfor eksplosjonens grenser. Charabomb-karakterer kan samles under spill for å øke kreftene dine, eller du kjemper og bytter dem med en venn i lenkemodus.