Paranoia-komplekset finner sted i en by kontrollert av en useriøs datamaskin som har sitt diktatoriske grep over seg. Spilleren tar rollen som en borger som har den skitne jobben å jakte på terroristopprørere. Dette spiller rett og slett ut at datamaskinen gir instruksjoner, spilleren går til terroristen i toppen-ned-byen og skyter ham. Etter å ha samlet en disk fra kroppen og brakt den til en spesiell terminal, venter penger og kampanjer som belønning.