I The Deep tar spilleren rollen som et skip som må forsvare seg mot en rekke undervannsfiender, f.eks. u-båter eller maneter med våpen. Alle fiendene skyter ut raketter eller miner mot båten som kan unngås ved å flytte til venstre eller høyre. Vannbomber kan slippes for å bli kvitt fiendene - men det er bare åtte tilgjengelige som sakte fylles opp over tid. Noen ganger slipper et helikopter kasser som inkluderer nyttige tilleggsutstyr som smarte bomber, styreraketter eller ekstra hastighet. Skipet kan også bli til en ubåt for å samle ting under vannet. Hver skjerm har et annet mål, f.eks. samle en kule, bombe en undervannsstasjon eller ødelegge et kraftig skip.