De fem oppdragene i spillet er hver tre eller fire etapper lange. Flere gisler holdes i hvert trinn; Joe må redde dem alle før han får fullføre etappen. Den siste fasen i hvert oppdrag har ingen gisler, men har i stedet en mektig sjefskarakter som Joe må beseire. Etter å ha fullført hvert av de fire første oppdragene blir spilleren tatt til et bonusstadium, hvor han kan tjene et ekstra liv hvis han er i stand til å drepe alle ninjaene som hopper mot ham. Å fullføre det femte oppdraget avslutter spillet. Når det femte oppdraget begynner, er det heller ikke lenger tillatt å fortsette; spilleren må fullføre spillet med hvor mange liv han har igjen på det tidspunktet. Hvis spilleren får en plass på høyscoretavlen, vises antall studiepoeng det tok ham å få denne poengsummen sammen med poengsummen hans. Joes standardvåpen er en ubegrenset mengde shuriken, sammen med slag og spark ved angrep på nært hold. Ett gissel per etappe gir ham en power-up. Når de er slått på, blir kastestjernene hans erstattet av en pistol som avfyrer store, eksplosive kuler, og angrepet hans på nært hold blir en katana-slash. Joe kan også utføre "ninja-magi", som kan brukes bare én gang per etappe og dreper (eller skader, i tilfelle sjefer) alle fiender på skjermen. Spillet lar også fiendene gjemme seg bak bokser eller bruke skjold for å blokkere Musashis shurikens.[4] Joe kan bli drept med ett treff, forutsatt at han blir truffet av et prosjektil- eller nærkampangrep, men hvis han ikke befinner seg i disse situasjonene, kan spilleren berøre vanlige fiender og bare bli presset tilbake uten å bli skadet. Siden de fleste fiender dukker opp på samme sted på hvert nivå, er det mulig å mestre spillet ved å huske plasseringene deres og lage mønstre for å beseire dem. På slutten av hvert trinn mottar spilleren poengbonuser basert på ytelse. Å fullføre scenen uten å bruke ninjamagi eller uten å bruke kastestjerner eller kuler gir spilleren en poengbonus. Spilleren har tre minutter på seg til å fullføre hvert trinn; gjenværende tid på slutten av etappen konverteres også til bonuspoeng og legges til spillerens poengsum.