Mennesker og romvesener lever i harmoni i fremtiden, inntil en tabloidjournalist vekker opp hat mot romvesener. De reagerer ved å invadere planeten, og det er opp til hovedpersonen å rydde opp i en situasjon som er skremmende lik virkeligheten i denne arkadekonverteringen. Gemini Wing er en vertikalt rullende shoot 'em up, som utmerker seg ved sitt uvanlige oppstartssystem. I stedet for å få sporadiske tokens som fører til varige våpenforbedringer, frigjøres sporadiske bølger av tokens for å sikre en rask utbrudd av forbedret ild. De organiske bakgrunnene er detaljerte, og har mange seksjoner som skyter mot spillerkarakteren.