Xenosaga I & II er en kombinert nyinnspilling og gjenfortelling av Xenosaga Episode 1 og 2 redesignet for Nintendo DS. Historieendringene ble håndtert av skaperen av serien. Spillet endrer store deler av historien i episode 1 mens de følger elementene som er etablert i det originale spillet. Dette inkluderer å legge til nye karakterer og endre hvordan enkelte scenarier utspiller seg. Endringene i episode 2 var mye større ettersom hovedpersonens perspektiv i spillet ble byttet fra Jr. til Shion for å matche med episode 1 og 3. Noen karakterer blir fjernet fra historien eller har endret eller avslørt skjebner. Noen fangehull blir fjernet, redigert eller erstattet. Den svarer også på noen spørsmål som originalen ikke gjorde da du følger en annen vei gjennom den samme generelle historien. Den endrer også kampmekanikken i episode 2 til å matche episode 1.