X-Men: The Official Game er plassert mellom den andre og tredje X-Men-filmen. Denne spesielle versjonen skiller seg betydelig fra sine datamaskin- og konsollmotparter. Det tar i bruk et actionspillformat ovenfra og ned med 3D-karakterer på tvers av førti nivåer. Under spillingen kan spilleren sømløst bytte mellom Wolverine, Iceman og Magneto på visse nivåer, mens andre fokuserer utelukkende på å kontrollere Nightcrawler. Karakterbevegelser forenkles gjennom Control Pad, mens alle andre karakterhandlinger utføres via berøringsskjermen. Den nedre skjermen fungerer som spillområdet, og viser karakterene, mens den øvre skjermen gir informasjon om statusen deres. Nightcrawler har teleporteringsevner, Wolverine utmerker seg i bakkebaserte angrep, Iceman spesialiserer seg på å skyte isangrep, og Magneto kan manipulere metalliske gjenstander, inkludert å plukke dem opp og kaste dem. Magneto er også i stand til å knuse metalldører. Hver karakters angrep har varierende effektivitet mot fiender, noe som gjør det viktig for spilleren å bytte mellom karakterer for å beseire dem ofte. I tillegg til standardfiendene har mange nivåer også formidable sjefskarakterer.