Spider-Man: Web of Shadows gir Spider-Man kreftene til både den klassiske røde drakten og den nyere svarte drakten. Etter hvert som han går dypere inn i spillet, må spillerne bestemme hvilken farge de skal stole på - smidigheten og hurtigheten til den røde drakten, eller den rene kraften til den svarte drakten. Når Spider-Man beseirer fiender, vil han låse opp nye evner, nettbevegelser og draktoppgraderinger, inkludert muligheten til å kalle inn andre Marvel-karakterer som allierte, som Nightcrawler og Green Goblin. Spillets siderullende handling lar spillere utforske det ekspansive, symbiote-korrupte New York i sitt eget tempo. Egenskaper som er låst opp i spillet lar spillerne utforske dypere inn i byen, slik at Spider-Man kan krysse symbiotisk slam og sprenge seg gjennom tunneler fylt med kor, i tillegg til å beseire de stadig mer farlige infiserte innbyggerne.